เมื่อวันที่ ๒ กุมภาพันธ์ ๒๕๖๔ สำนักงานปลัดกระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัย และนวัตกรรม ได้พิจารณารับทราบการอนุมัติหลักสูตรของสภามหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ผ่านระบบพิจารณาความสอดคล้องหลักสูตรระดับอุดมศึกษา (CHECO Online) จำนวน ๔ หลักสูตร ได้แก่ ระดับปริญญาตรี ๓ หลักสูตร และปริญญาเอก ๑ หลักสูตร ดังนี้
1.หลักสูตรรัฐศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการปกครอง เปิดการเรียนการสอน ณ มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย วิทยาลัยศาสนศาสตร์เฉลิมพระเกียรติกาฬสินธุ์ จังหวัดกาฬสินธุ์
2.หลักสูตรรัฐศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการปกครอง เปิดการเรียนการสอน ณ มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย วิทยาลัยศาสนศาสตร์ ยโสธร จังหวัดยโสธร
3.หลักสูตรรัฐศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการปกครอง เปิดการเรียนการสอน ณ มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย วิทยาเขตศรีธรรมาโศกราช
4.หลักสูตรศาสนศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาพุทธศาสน์ศึกษา เปิดการเรียนการสอน ณ บัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ตำบลศาลายา อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม
และสำนักพัฒนาหลักสูตรและหมวดวิชาศึกษาทั่วไป จะได้เสนอสภาวิชาการเพื่อรับทราบต่อไป