เมื่อวันที่ ๒๓ พ.ย. ๒๕๖๓ สำนักงานปลัดกระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัย และนวัตกรรม ได้พิจารณารับทราบการอนุมัติหลักสูตรของสภามหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ผ่านระบบพิจารณาความสอดคล้องหลักสูตรระดับอุดมศึกษา (CHECO Online) จำนวน ๒ หลักสูตร ได้แก่
๑. หลักสูตรศึกษาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการบริหารการศึกษา หลักสูตรปรับปรุง (พ.ศ.๒๕๖๒) เปิดสอน ณ มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ตำบลศาลายา อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม และมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย วิทยาเขตร้อยเอ็ด จังหวัดร้อยเอ็ด
๒. หลักสูตรรัฐศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการปกครองท้องถิ่นตามแนวพุทธศาสตร์ (หลักสูตรใหม่) เปิดสอน ณ มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย วิทยาเขตร้อยเอ็ด จังหวัดร้อยเอ็ด และสำนักพัฒนาหลักสูตรและหมวดวิชาศึกษาทั่วไป ได้เสนอสภาวิชาการเพื่อรับทราบในวันที่ ๓ ธันวาคม ๒๕๖๓